دولت جمهوری اسلامی ایران با صدور پیامی ارتحال آیت‌الله مشکینی را تسلیت گفت و روز چهارشنبه را در سراسر ایران و روزهای چهارشنبه و پنج‌شنبه را در استان قم عزای عمومی اعلام کرد.  به گزارش دبیرخانه شورای اطلاع رسانی دولت ، در پیام تسلیت هیئت وزیران آمده است:  بسم الله الرحمن الرحیم  انالله و انا الیه راجعون  خبر جانگذار ارتحال عالم متقی و وارسته حضرت آیت‌الله مشکینی، که بعد از عمری خدمت به اسلام به بارگاه الهی بار یافت ،هاله‌ای از غم را بر دل نهاد؛ مجاهدی که عمر گرانمایه خود را در راه اعتلای دین به کار بست و در سنگرهای مختلف از حضور در جبهه‌های حق علیه باطل تا ریاست مجلس خبرگان رهبری و امامت جمعه شهر مقدس قم، ‌در میادین گوناگون خدمتگزاری حاضر و مهیا بود.  او عالمی بزرگ بود که کرسی اخلاق و موعظه‌اش در حوزه‌ علمیه قم همواره سیراب کننده کام تشنه طالبان وصال گشت و مشی و سلوک عرفانیش همیشه فرا راه آنهایی است که نیازمند سلوکند و تقرب به حق تعالی . به مناسبت ارتحال آن یار دیرین امام و رهبری، هیئت دولت جمهوری اسلامی ایران ضمن عرض تسلیت به ساحت مقدس حضرت ولی الله الاعظم(عج) ، رهبر معظم انقلاب اسلامی، مراجع عظام تقلید، حوزه‌های علمیه بالاخص حوزه علمیه قم و بیت شریف آن مرحوم روز چهار شنبه ‌١٠/٥/٨٦ را در سراسر ایران اسلامی و روزهای چهارشنبه و پنج‌شنبه ‌١٠ و ‌١١ مرداد ماه را در استان قم عزای عمومی اعلام می‌نماید.  از خدای بزرگ همنشینی آن عالم مجاهد را با اولیاء الهی خواستاریم و علو درجاتش را طلب می‌نماییم.